EBP项目将首先集中完成约9330个真核生物科级别代表性物种（eukaryotic family）的基因组，从而获得与人类参考基因组相当或比人类参考基因组更好的参考基因组。接着，在14万～20万个真核生物属（eukaryotic genera）中，对来自每个属的一个物种进行基因组草图绘制。最后，对剩下的150万个已知的真核生物物种（eukaryotic species）的基因组进行低覆盖测序。这些精细度不同的基总有机碳分析仪因组之间还能通过比较分析或进一步测序，帮助我们获知更多的信息。EBP计划的意义重大。以Harris Lewin, Gene Robinson, John Kress为代表的EBP工作组成员表示，这是第一个真正的全球大型基因组测序项目，能让世界上数千名科学家和数百万民众参与，所产出的超大数据超过1EB（相当于1亿部高清电影，播放2.3万年），将推动全新计算算法、分析方法和模型的创立，革新我们对生物学的理解，有望极大改善物种保护工作，并为农业、医药和生态系统服务创造新的基因资源。研究者们完成该项目的信心来源之一，是不断下降的的测序成本与不断进步的测序技术。人类基因组计划之后，个人全基因组测序成本不断降低，由最初的30亿美元下降到现在的1000美元，甚至可能更低。作为全球最大的基因组学研发中心，华大基因已于2015-2016年相继推出了多款自主研发的测序系统，目前已具备量产测序仪的实力，也将运用这一优势，助力EBP项目的实施。