水样分别被注入高温燃烧管（900℃）和低温反应管（150℃）中。经高温燃烧管的水样受高温催化氧化，使有机化合物和无机碳酸盐均转化成为二氧化碳。经反应管的水样受酸化而使无机碳酸盐分解成为二氧化碳，其所生成的二氧化碳依次导入非分散红外检测器，从而分别测得水中的总碳（TC）和无机碳（IC）。总碳与无机碳之差值，即为总有机碳（TOC）。　将水样酸化后曝气，使各种碳酸盐分解生成二氧化碳而驱除后，再注入高温燃烧管中，可直接测定总有机碳。但由于在曝气过程中会造成水样中挥发性有机物的损失而产生测定误差，因此其测总有机碳分析仪定结果只是不可吹出的有机碳值。使用紫外灯将水中有机物转化为二氧化碳，二氧化碳溶解在水中形成碳酸根离子．有机物转化前后都测量电导率，通过电导率的差值可算出增加的碳酸根含量，就可以算出水中的ＴＯＣ了．

进样时，宜先作TC测定，后作IC测定。样品必须摇匀。

进行微量分析时，摇动样品会使空气中CO2溶解进去，故应小心，记录曲线的拖尾现象，就是由此所致。在处理数据时，要减去TC、IC的空白值。

进样量的多少，按仪器规定执行。一般进样量越大，曲线的峰越高，但过高的进样量会导致燃烧效率低下。同时，样品中如有悬浮物质，一定要滤去。

分析含盐过多的样品时，应加脱盐装置，这时，可适当降低高温炉温度，如调温至700左右。