在清洁验证调查中，经常需要根据一个以上的目标残留物或化合物建立接受标准限制。局限性在于，它在一次试验中，只能检测一种残留物。因此在清洁验证中，多种化合物就需要多个分析实验才能完成。在这些实验中许多无法预料到的污染物和清洁剂可能会被忽略，在色谱中就会显示出许多不明的峰。由于TOC是一种非专属性方法，所以可toc分析仪检测到超过一种的目标化合物。由于设置和分析耗时过长，使用 结果经常是，要花一两天的时间才能认证设备符合清洁标准，由此造成生产停机。不明的峰以及高额的维修费用都是导致停工的原因。另外，在对制药设施进行检查后，发出的警告信中，是被引用最多的分析方法。近期的警告信所提到的问题有，方法会导致不充分的检测，无法确定不明的峰，无法在使用之前校正仪器，检测的线性程度低，仪器准确度的不足，无法在分析之前使仪器达到合适状态等等。实验室运行仪器的操作人员培训及认证程度不足也受到高度关注。一封最近的警告信写道:“....测试的流程不全面，因为样品的运行时间和保留时间......在你们提供的实验方法里没有确定。我们的调查员发现贵实验室的员工习惯性地在活性峰洗脱后停止色谱的运行，导致不能检测到在活toc分析仪性峰之后洗脱的峰。用分析进行清洁验证会有许多不确定因素。不明的峰，也就是“假峰”，是不确定因素之一，可导致冗长的排除困难时间和验证操作的失败。以往的进样、污染物、气泡、柱内的污垢，磨损的保护柱，以及样品中痕量的污染物和清洁剂都是导致  需要更换组件的因素。比如，磨损的聚合物接头或管材，被污染的保护柱会影响峰形，需要更换。根据峰形的变化，保护柱需要每周甚至每天更换，这大大地增加了计划外的维修费用。