土壤与水体作为地球表层系统的核心载体，孕育了地球上最丰富的微生物资源。每克土壤中栖息着数十亿微生物，每升水体中也存在数百万个微生物个体，这些微生物通过复杂的种间互作形成群落，驱动着元素循环、污染物净化、生态修复等关键地球生命活动。近年来，随着高通量测序、宏基因组学及微生物建模技术的突破，解析土壤与水体微生物群落的结构特征、揭示其生态功能关联，已成为环境生态学领域的研究前沿。本文将系统梳理两大生境中微生物群落的研究热点，剖析结构与功能的内在联系，并展望技术应用前景。
微生物群落研究的突破首先依赖于技术手段的迭代。传统培养方法仅能捕获不到 1% 的微生物类群，而现代多组学技术与计算模型的结合，实现了从 "知其然" 到 "知其所以然" 的跨越，构建了完整的研究技术链条。
高通量测序技术：16S/18S rRNA 基因扩增子测序仍是解析群落组成的基础工具，可快速获得土壤 / 水体中细菌、古菌及真菌的物种丰度与多样性信息。例如，通过该技术发现盐碱地土壤中，当盐碱度从 0.1% 增至 5% 时，细菌群落 α 多样性显著下降，而丛枝菌根真菌（AMF）群落 α 多样性反而提升。宏基因组测序则能进一步揭示群落的功能基因谱，如在污染土壤中可直接检测到多环芳烃降解相关的功能基因簇。
单细胞与可视化技术：单细胞基因组测序突破了微生物培养限制，可直接从环境样本中获取未培养菌株的基因组信息，明确其系统发育地位与潜在代谢功能；荧光原位杂交（FISH）技术则能实现微生物在土壤团聚体或水体颗粒物上的空间定位，揭示群落的微生境分布特征。
稳定性同位素探针技术：该技术通过标记污染物或营养物质（如 ¹³C 标记的多环芳烃），追踪其在微生物体内的代谢流向，精准识别参与特定生态过程的功能微生物类群，解决了 "谁在干活" 的核心问题。
宏转录组与宏蛋白组：通过分析群落的活性转录本与表达蛋白，可直接反映微生物功能的动态变化。例如，在过氧化钙修复水体沉积物时，宏转录组分析显示氨氧化基因（amoA）与硫氧化基因（sox）的表达量显著上调，证实了硝化菌与硫氧化菌的功能激活。
微生物组建模技术：南京农业大学团队开发的 SuperCC 建模框架，可模拟不同菌株组合的代谢通量分布，预测微生物间的互作关系与群落功能效率，为合成功能微生物组提供了计算工具。基因组规模代谢模型（GSMM）则能通过单菌株代谢网络重构，推演群落的物质转化路径。
零模型分析：用于揭示群落构建机制，区分确定性过程（如环境选择）与随机性过程（如生态漂变）的贡献。研究发现，高盐环境中 AMF 群落的构建以同质性选择为主（占比 79%），而细菌群落则受生态漂变影响更大，这种差异与微生物的适应策略直接相关。
土壤是典型的异质性生境，pH、有机质含量、盐碱度等环境因子的空间差异塑造了多样的微生物群落结构，而群落通过驱动元素循环、净化污染等功能维系土壤生态系统稳定。
环境因子的筛选作用：土壤盐碱度是调控微生物群落的关键因子之一，在乌兹别克斯坦盐碱区研究中，随着盐碱度升高，细菌群落网络复杂度降低，而 AMF 群落网络反而更紧密，这种反向分异源于两类微生物的适应机制差异 —— 细菌依赖快速扩散适应环境，而 AMF 通过菌丝网络维持生态位稳定。土壤 pH 则直接影响微生物的存活边界，酸性土壤中 Acidobacteria 门丰度较高，而中性至碱性土壤中 Proteobacteria 门占主导。
土地利用与人为干扰：农田耕作会破坏 AMF 的菌丝网络，导致其生境碎片化，而灌溉则促进细菌的均匀扩散，这种人为干扰显著改变了 "真菌 - 细菌" 的群落平衡。化肥过量施用则会降低土壤微生物多样性，抑制固氮菌与菌根真菌等有益类群，打破元素循环平衡。
空间尺度的分异特征：在局域尺度（米级），土壤团聚体的微环境差异驱动微生物的微生境分化；而在区域尺度（公里级），气候条件与土壤类型共同决定群落的生物地理格局，如温带草原土壤中放线菌丰度显著高于热带雨林。
